Diğer üniversitelerle işbirliği içinde çok başarılı disiplinlerarası araştırmalar yürütülmektedir, örneğin Berlin Matematik Okulu, DFG Araştırma Merkezi Matheon ve Alman Öğretmen Eğitimi Matematik Merkezi. 2014 itibarıyla bu üç kurumun faaliyetleri, Mayıs 2012'de onaylanan bir kararla, yeni bir kurum olan Einstein Matematik Merkezi'nde birleştirilecektir.
Bağımsız araştırma kurumlarıyla üretken işbirliği için birkaç örnek, Uluslararası Max Planck Hesaplamalı Biyoloji ve Bilimsel Hesaplama Araştırma Okulu ve Dahlem Araştırma Okulu çatısı altında İngilizce olarak verilen yapılandırılmış doktora programlarında üstün genç akademisyenleri eğiten Helmholtz Lisansüstü Araştırma Okulu GeoSim ve Ekim 2009'da kurulan ve kamu güvenliği ve emniyetiyle ilgilenen farklı disiplinlerin ve kurumların araştırma projelerini ve çalışmalarını birleştirmeyi amaçlayan Kamu Güvenliği ve Emniyeti Araştırma Forumu'dur.