MEPhI alanında uzman öğretmenleriyle benzersiz bir eğitim sistemi olarak adlandırılan ”Phystech System” yöntemiyle eğitimini vermektedir. Bu yöntemde temel bilim dalları, mühendislik disiplinleri ve araştırmalarla kombine edilmiş bir eğitim süreci izlenir. Bu yöntemle beraber her öğrencinin kendi kişisel bir eğitim planı oluşturulur. Öğrenciler ikinci ve üçüncü yıllarında bilimsel bir çalışmaya katılırlar. Öğrencinin mezuniyet dönemine doğru da almış olduğu teorik bilgilerinin yanı sıra deneysel bilgilerini yeterli mühendislik bilgisiyle kullanması amaçlanır. Moskova Fizik ve Teknoloji Üniversitesi’nde 1 yıl hazırlık + 5.5 yıl uzmanlık eğitimi verilmektedir.. İlk üç senesi matematik, fizik ve İngilizce olmak üzere üç anadalda temel zorunlu dersler verilir. ilk üç sene diğer fakülteler arasında bir farklılık bulunmamaktadır. Öğrenciler eğitimlerinin birinci ve ikinci yılı , ödevler hariç, haftada 48 saat olmak üzere eğitim alırlar. Haftanın 5 günü ders alan öğrencilerin dersleri 9.00 ya da 10.30’dan başlayıp akşam 17.00, 18.30 veya 20.00’a kadar sürebilmektedir. Bir çok ders laboratuvarda deney ve gözlem yaparak geçmektedir.