Diplom ve Magister Artium gibi çoğu geleneksel akademik dereceli derslerin, Daha uluslararası bilinen Lisans ve Yüksek lisans sisteminin yerini aldığı Bologna Süreci'ne rağmen, Münih Üniversitesi çok sayıda ana ve yan dal kombinasyonuyla 100'den fazla çalışma alanı sunmaya devam etmektedir. Üniversitenin yüksek öğrenim için popüler hedef olarak uluslararasılaşması paralelinde, Almanca bilgisi çok az olan veya hiç olmayan uluslararası öğrencilere hitap etmek için, çoğunlukla mezun ve lisansüstü düzeylerde giderek artan sayıda İngilizce derste İngilizce olarak verilir. Halen İngilizce programlar arasında psikoloji, fizik, işletme ve çeşitli yönetim alanları vardır. Üniversite, çeşitli bölüm ve enstitüleri denetleyen 18 fakülteden oluşur. Fakültelerin resmi numaralandırması ve 06 ile 14 rakamlarının eksik olması, geçmişte fakültelerin parçalanması ve birleşmesinden kaynaklanmaktadır. 06 numaralı Orman İşletme Fakültesi 1999 yılında Münih Teknik Üniversitesi'ne katılmış ve 14 numaralı fakülte 13 numaralı fakülte ile birleştirilmiştir.